股权转让合同的限制主要有三种：法律对股权转让的限制，章程对股权转让的限制，合同对股权转让的限制。
一、法律对股权转让的限制
法律的限制是股权转让限制中最为主要、最为复杂的一类，也是对股权转让协议效力冲击最为明显的一类。所谓依法律的股权转让限制，即各国法律对股权转让明文设置的条件限制。以我国公司企业法律为蓝本，结合有关国家的相关规定，依法律的股权转让限制主要表现为以下方面：
1、封闭性限制。
这是对有限责任公司股权转让的特殊限制。我国《公司法》规定：尽管有限责任公司的股东之间可以相互自由地转让出资，但股东向非股东转让出资时，不仅须经其他股东过半数同意，而且其它原有股东还享有优先受让权。对股权转让的这一限制性规定，预示着有限责任公司的封闭特性，并成为有限责任公司与其它公司形态、尤其是股份公司形态相区别的主要特征之一。有限责任公司正是凭着对股权转让的这一限制措施，来满足那些追求封闭经营的投资者的需求，家庭型公司、中小型紧密投资者组合的公司，往往对此十分看重。因此，凡有违封闭性限制的股权转让，不仅公司可以拒绝名义更换，而且此类股权转让协议的效力亦难以获得法律的支持。
2、发起人持股时间的限制。
我国《公司法》规定：发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起3年内不得转让。综观其它各国公司法律，几乎皆无对发起人持股时间的限制规定，此类限制是否真有其存在的合理性呢？对发起人股权转让的时间限制，的确无实际的意义，这从有限责任公司设立时的原始股东的股权转让无需受到时间限制的做法中即可得到印证。正因此类限制并不具有可取性，故在处理此类股权转让纠纷时，可以相对宽松地允许此类股权的预约转让，至少应承认发起人于限制期内转让股权的债权效力，只要发起人股权于限制期内不进行实际的物权处分转让，即应维护此类转让协议的法律效力。
3、董事、监事、经理任职条件的限制。
我国《公司法》规定：公司董事、监事、经理所持股份于任职期内不得转让。通说此项规定，无非是杜绝公司负责人利用任职便利获得的公司内部信息，从事不公平的内幕股权交易，从而损害其它非任职股东和广大投资者的利益。司法实践中，对违反此类限制的股权转让协议，多认定为无效。而且，对此类限制下的预约股权转让，即以解聘职务为条件的股权转让，同样应承认其法律的效力，不应一律无效。
4、取得自己股份的限制。
即公司不得为受让自己公司股份的法律主体。我国《公司法》规定：“公司不得收购本公司的股票，但为减少公司资本而注销股份或者与持有本公司股票的其他公司合并时除外”。与此同类的限制，还包括公司不得接受本公司的股票作为抵押权的标的。公司接受自我股票抵押，存在公司受让自己股份的隐患，因为公司一旦行使抵押权时，即有可能取得自己的股份，故同样应予限制。究其法理，皆与维护公司资本的真实性密切相关。凡有违此类禁止性限制规定的股权转让协议，无疑应属无效。
5、特殊股份转让的限制。
这主要是指对国家股、外资股转让所作的限制。我国《公司法》规定：国家股虽可转让，但需经相应的审批。1997年7月对外贸易经济合作部、国家工商行政管理局联合发布的《关于外商投资企业投资者股权变更的若干规定》第20条规定：股权转让协议自核发变更外商投资企业批准证书之日起生效。司法实践中，普遍将未经审批的国家股以及外资企业股权的转让协议，认定为无效。
6、股权转让场所的限制。
我国《公司法》规定：股东转让其股份必须在依法设立的证券交易场所进行。“无记名股票的转让，由股东在依法设立的证券交易场所将该股票交付给受让人后即发生转让的效力”。这类合同主要有股东之间的合同、股东与公司之间的合同以及股东与第三人之间的合同等。如部份股东之间就股权优先受让权所作的相互约定、公司与部分股东之间所作的特定条件下回购股权的约定、以及股东与第三人之间以股权为抵押标的物的约定，皆是依合同的股权转让限制的具体表现。
二、章程对股权转让的限制
依章程的股权转让限制，之所以多依照法律来进行，其实质是法律对章程限制股权转让的空间进行了约束，即除法律所规定的限制举措外，章程原则上不得制定其它更多的股权转让限制条款。依章程的股权转让限制，更能体现法律的灵活，即法律并不直接地对股权转让予以限制，而是赋予投资者们凭章程去自主地选择是否对股权转让进行限制，故依章程的股权转让限制，更加符合私法自治的精神。依章程的股权转让限制，几乎普遍都是以公司同意转让与否、董事会承认与否来作为限制的主要方式，这意在尽可能为公司经营者维持股东的人合构成提供便利，以此迎合各类公司（包括股份有限公司）封闭性经营的社会需求
依章程的股权转让限制对股权转让协议的效力影响，多数采信相对无效说。即违反章程限制的股权转让，或者说未按章程要求获得公司同意与承认的股权转让，相对于公司而言不具有对抗效力，但相对于协议双方而言，不能仅以违反章程限制为由主张无效。尽管我国法律未对依章程的股权转让限制作出规定，但在我国的公司诉讼中，也有以公司章程对公司股权转让进行限制的案例。
遇此类案件时，首先，要审查依章程的股权转让限制措施是否合法，如上市公司的股权转让原则上不应受到任何的限制；其次，即便依章程的股权转让限制措施合法，也不能仅仅以此自治性质的限制来断然否定股权转让协议应有的法律效力。
三、合同对股权转让的限制
在我国市场经济运行中，还出现了大量的股份合作制公司，此类公司的股权以内部职工持股为主要组成部份，对于内部职工股权的转让，由于缺乏法律的直接规定，多是通过公司章程、尤其是公司与股东以及股东之间的合同来规范。在此类合同中，常常以职工退职为退股的解约条件，常常包含有公司在职工退职时，拥有以面额价回购股权之类的相关约定。依合同的股权转让限制的法律效力，可以区分为对内与对外两个层面。
1、就对内而言，只要限制举措不与法律精神相违背，原则上应为有效，合同双方应遵守此类约束，并可按此类约束进行股权转让。依合同的股权转让限制也有违背法律的情形。如，有限责任公司与一般股东达成的以退出公司为回购股权的合同，便有可能违背公司取得自己股份的禁止规定。
2、就对外而言，即受合同限制的股东向合同以外的第三人转让股权时，基于合同相对性原理，依合同的股权转让限制应无法律约束力，对外转让显然不会仅仅因为合同限制的存在而当然无效。此时，股权转让受到合同限制的股东，将可能受到前后两 份有效协议的约束，将可能面临必然违背其中一约的两难境地。 与依法律的强制性股权转让限制不同，它属于自治性质的股权转让限制。它是指通过公司章程对股权转让所设置的条件限制。依章程的股权转让限制，多是依照法律的许可来进行。
